Newton, come Copernico, Keplero e Galileo, credeva in Dio. Per Newton Dio è un Dio di ordine, che crea armonia, simmetria e semplicità matematica nell'universo. Newton non si occupò soltanto della ricerca scientifica, ma dedicò molto del suo tempo anche allo studio delle Sacre Scritture e lasciò copiosi manoscritti che trattavano temi biblici. Ma ecco quello che è accaduto ai suoi manoscritti teologici. 

Newton sperava di essere un giorno ricordato non solo come "un filosofo naturale", ma ancor di più come uno studioso della Bibbia. La cosa, però, sembrò decisamente incomprensibile ai diversi curatori delle opere di Newton, i quali addirittura rifiutarono inorriditi di mettere mano ai suoi testi teologici. 

«Gli eredi di Newton - scrive Timossi nel suo libro Dio e la scienza moderna - si limitarono a conservare in una grande cassapanca quegli strani manoscritti. Samuel Horsley - scrupoloso curatore... dell'opera omnia newtoniana (1779-1785) - appena li ebbe sotto gli occhi... li ripose nella cassa sbattendo il coperchio e raccomandando ai proprietari di non farli vedere a nessuno... Questi atteggiamenti degli studiosi e scienziati che esaminarono le opere teologiche di Newton risentivano della mentalità empiristica e positivistica allora dominante, la quale tendeva a contrapporre radicalmente la scienza alla metafisica e alla teologia: la prima produceva verità certe e fattuali, le seconde soltanto chiacchiere o letteratura (quindi opere fantastiche). Per chi sosteneva una simile demarcazione tra conoscenza scientifica e teologia filosofica doveva apparire assurdo e inconcepibile che nella mente di uno scienziato convivessero contemporaneamente rigore scientifico e speculazione metafisica, metodo sperimentale ed esegesi biblica». 

I manoscritti teologici di Newton furono messi all'asta nel 1936, ben duecentonove anni dopo la morte dell'autore. La maggior parte fu acquistata e donata all'Università di Cambridge, che li ha ammessi alla libera consultazione dei ricercatori. Un'altra parte fu acquistata e data in custodia all'Università di Gerusalemme. Un'ultima parte è andata perduta.